- In 1848 werd het interieur van de kerk gemoderniseerd. Een groot neogotische orgelkast werd tegen het houten schot voor het koor gebouwd. Gelijktijdig of in ieder geval vanaf 1872 moet er ook een orgel geweest zijn, want organist Egbert Romviel werd in 1942 door de kerkvoogden gehuldigd voor het 70 jaar bespelen van het orgel in Blauwkapel; hij was op 11-jarige leeftijd al organist in Blauwkapel.
Over dit eerste orgel is helaas geen informatie beschikbaar. - In 1903 wordt door de Utrechtse orgelmaker J.C. Sanders een ander (tweedehands) orgel geplaatst. Dit zgn. kabinet-orgel was in 1844 gebouwd door de Rotterdamse orgelbouwers Willem Hendrik Kam en Hendrik van der Meulen. In 1943 werd dit orgel vanwege oorlogsgevaar weggehaald en opgeslagen. Na de oorlog kwam het orgel uiteindelijk terecht in de protestantse kerk De Hoeksteen in Vianen.
- In 1961 kreeg Blauwkapel haar huidige orgel. Ook dit orgel was niet nieuw. Het was in 1711 gebouwd door de Ieperse orgelmaker Jacobus van Eynde voor de St. Trudo Abdij te Male (bij Brugge). In 1852 verplaatste de uit Gent afkomstige orgelmaker Maximilien van Peteghem het instrument naar de parochiekerk van Sint Maria in Aalter. Van Peteghem verbouwde het orgel inwendig nogal grondig. In ieder geval bleven drie registers Van Eynde (tot op heden) bewaard. In 1961 werd dit instrument door orgelmaker J. de Koff & Zn. uit Utrecht in de kerk van Blauwkapel geplaatst. In 1968 restaureerde deze firma het orgel. Op dat moment was nog weinig bekend over de geschiedenis van het orgel en in een poging de vermeende oorspronkelijke toestand te herstellen werd een register uit 1852 verwijderd (Fûlte traversière 8 Discant).
- In 2007/2008 is het orgel -na een inventarisatie van orgeladviseur Peter van Dijk- zo goed mogelijk hersteld door Elbertse Orgelmakers in Soest. Een deel van de Fourniture toegevoegde pijpen zijn verwijderd en de Cornet 3 sterk Discant uit 1968 is gereduceerd tot een Nasard 3. Qua klank zijn de registers uit 1968 daarbij in klank zoveel mogelijk aangepast aan het historische pijpwerk.